La Química Orgánica es la rama de la Química que estudia la  estructura, propiedades y transformaciones de las moléculas carbonadas. Este Departamento es el responsable de la transmisión de estos conocimientos en la Facultad de Ciencias. Asimismo, sus distintos grupos de investigación abordan el diseño y la creación de nuevas moléculas y estructuras supramoleculares con relevancia biológica, farmacéutica y en ciencias de los materiales.